L'année 1988 débute avec la visite, le 12 janvier, du cyclone tropical Anne, "le plus fort qu'ait connu la région depuis 10 ans", titreront les Nouvelles Calédoniennes, dès le lendemain. Il fera la une du journal pendant plus de 5 jours, et tuera 2 personnes. Le 22 avril, 40 membres du FLNKS s'emparent de la gendarmerie de Fayaoué, y volent des armes, tuent 4 gendarmes et en kidnappent 27 autres, qui, pour une part d'entre eux, resteront pris en otage une dizaine de jours dans la grotte de Gossanah, la volonté étant de faire annuler le statut Pons, mis en place en début d'année, et refusant l'accès à l'indépendance. Le 5 mai, l'"Opération Victor" permet le "dénouement de la tragédie d'Ouvéa": la grotte de Gossanah est prise d'assaut par les commandos de l'armée, afin de libérer les otages. Cet acte conduira à la mort de 19 indépendantistes, et 2 militaires. Parallèlement, François Mitterrand est réélu président de la République le 8 mai, face à Jacques Chirac, qui lui, remporte un vrai succès en Calédonie, où il réalise 90 % des voix. Le 26 juin, l'accord de Matignon est signé. Fruit de négociations entre Jean-Marie et Jacques Chirac, il prévoit l'organisation d'un scrutin d'autodétermination local dans 10 ans. Il sera complété, le 19 août, par l'accord d'Oudinot, prévoyant le découpage des provinces. Le 6 novembre, un "oui" "du bout des lèvres" (57,04 %) est voté en faveur de la mise en place de ces accords sur le territoire.