Visé par une information judiciaire ouverte en 2009, Isaak Kamali a été placé sous contrôle judiciaire. Selon le communiqué du PNAT, qui confirme une information du quotidien Le Parisien, il lui est reproché "son implication dans le génocide des Tutsi commis en 1994 au Rwanda, notamment sur le ressort de la préfecture de Gitarama".